Народився в с. Уріж Самбірського повіту (тепер Дрогобицького району Львівської області) в родині руських шляхтичів Федора та його дружини Маріанни Винницьких. 24 квітня 1650 року став Перемиським та Самбірським православним єпископом всупереч рішенню сейму Речі Посполитої від 1641 року. До 1664 року — Перемиський єпископ. Хіротонія відбулась в кафедральному соборі Перемишля. За підтримки гетьмана Павла Тетері Мошковського був обраний Митрополитом Київським, Галицьким та всієї Руси.
Після 1666 року керував Львівською, Перемиською та Луцькою єпархією Київської митрополії Константинопольського патріархату. У 1668 році вів боротьбу за церкву Святого Юра із Йосифом (Шумлянським). Вояки Й. Шумлянського напали на оборонний монастир, вирубали паркани, брами, сильно побили слуг митрополита. Антоній Винницький спустився по спису до вікна, де його обступили вояки; відкупився своїм золотим ланцюгом. Й. Шумлянський забрав єпископські митри, ризи, одяг, килими, зброю, столове начиння, бочки вина, коней для карети тощо. Справа дійшла до суду, який визнав Й. Шумлянського владикою.
Після смерті Митрополита Йосифа Тукальського-Нелюбовича (1676) заявляв свої претензії на всю Київську митрополію. Вів переговори з послами московського царя, щодо визнання його, як митрополита на теренах України у складі Московського царства. На це йому відповіли, що таке можливо лише після визнання ним зверхності государя та московського патріарха. 1676 року висвячений на митрополита, екзарха Константинопольської Патріархії, і керував Київською митрополією до 1679 року. Мав підтвердження свого митрополичого статусу від двох польських королів.
Був останній з митрополитів, що носили титул — Митрополит Київський, Галицький та всієї Русі. Помер 26 листопада 1679 року. За даними Географічного словника Королівства Польського, був похований у крипті церкви Лаврівського монастиря.
Джерело: Мар'ян Бендза "З історії православної культури Сяноцької землі"